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Nace en La Haye en Touraine, Francia (actualmente llamada Descartes en su honor). Pertenecía a una familia de la baja nobleza.
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Finaliza sus estudios en la Universidad de Poitiers y obtiene un título en Derecho. Nunca llegó a ejercer, prefiriendo seguir su vocación por la filosofía, la ciencia y las matemáticas.
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Mientras servía en el ejército en Baviera (Alemania), experimentó tres sueños consecutivos en la noche del 10 al 11 de noviembre, que interpretó como una revelación divina para unificar todo el conocimiento bajo un único sistema metodológico (lo que se convertiría en su famoso método).
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Decide mudarse a los Países Bajos (donde residiría por unos 20 años) buscando un ambiente de mayor tranquilidad y libertad intelectual, lejos de las controversias de París, lo que le permitió dedicarse plenamente a su obra.
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Publica de forma anónima Discurso del método para bien conducir la propia razón y buscar la verdad en las ciencias, junto con tres ensayos científicos (Dióptrica, Meteoros y Geometría). Esta obra marca el inicio de la filosofía moderna con su famosa frase "Pienso, luego existo" (Cogito, ergo sum).
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Acepta la invitación de la Reina Cristina de Suecia para instruirla en filosofía. El rigor del clima y los horarios matutinos a los que fue sometido le causaron problemas de salud. Muere de neumonía en Estocolmo en febrero de 1650.