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Nació en Shrewsbury, Shropshire, Inglaterra. Fue el quinto de seis de los hijos. Sus padres fueron Robert Darwin, un médico y hombre de negocios acomodado, y Susannah Darwin (apellidada Wedgwood de soltera).
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Darwin muestra un predilección por la Historia Natural y comienza a coleccionar ejemplares. Se incorporó a la escuela diurna, regida por el predicador de la capilla donde asistía a los cultos.
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Muere su madre.
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Se incorporó con su hermano Erasmus a la cercana escuela anglicana de Shrewsbury como pupilo.
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Darwin pasó el verano de 1825 como aprendiz de médico, ayudando a su padre a asistir a las personas necesitadas de Shropshire. Encontró sus clases tediosas y la cirugía insufrible.
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Va con su hermano Erasmus a la Universidad de Edimburgo.
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Aprendió taxidermia con John Edmonstone, un esclavo negro liberto que había acompañado a Charles Waterton por las selvas de Sudamérica y se le veía frecuentemente sentado con aquel "hombre inteligente y muy agradable".
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En su segundo año en Edimburgo ingresó en la Sociedad Pliniana, un grupo de estudiantes de historia natural cuyos debates derivaron hacia el materialismo radical. Colaboró con las investigaciones de Robert Edmund Grant sobre la anatomía y el ciclo vital de los invertebrados marinos en el Fiordo de Forth.
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Presentó ante la Sociedad Pliniana el descubrimiento de que unas esporas blancas encontradas en caparazones de ostras eran los huevos de una sanguijuela.
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Su padre, indignado por su falta de atención a los estudios, lo envió al Christ’s College de Cambridge para obtener un grado en letras como primer paso para ordenarse como pastor anglicano. Pero prefería la equitación y el tiro al estudio.
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Darwin se centró en sus estudios, deleitándose con el lenguaje y la lógica de Evidencias del Cristianismo de William Paley. En el examen final de enero de 1831 Darwin aprobó, quedando el décimo de una lista de 178 examinados.
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Darwin tuvo que quedarse en Cambridge hasta junio. Leyó tres obras que ejercerían una influencia fundamental en la evolución de su pensamiento. Planeó visitar Tenerife con algunos compañeros de clase tras la graduación para estudiar la historia natural de los trópicos.
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Al regresar a casa encuentra una carta que le proponía un puesto como naturalista sin retribución para el capitán Robert FitzRoy. Su padre se opuso, pero finalmente terminó cediendo. Zarpa de la bahía Plymouth, en un viaje que duraría 2 años.
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Termina su viaje arribando a Falmouth el 2 de octubre de 1836. Cuando vuelve Darwin se había vuelto toda una celebridad en la comunidad científica.
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A Darwin le presentaron al prometedor anatomista Richard Owen, quien disponía de las instalaciones del Real Colegio de Cirujanos de Inglaterra para trabajar en los huesos fosilizados. Entre los sorprendentes ejemplares que clasificó Owen se encontraban: perezosos gigantes extintos, un esqueleto casi completo del desconocido Scelidotherium, un roedor del tamaño de un hipopótamo,
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Presentó sus especímenes de mamíferos y aves a la Sociedad Geológica de Londres.
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Darwin fue elegido como miembro de la Sociedad Geográfica
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Darwin se casa con su prima Emma Wedgwood en Maer en una ceremonia anglicana.
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Publicó la obra "Diario del viaje del Beagle". Titulado originalmente "Diario y Observaciones". Cuando las "Crónicas" de Fitzroy se publicaron en mayo de 1839, los diarios de Darwin eran ya un éxito tal que el mismo Fitzroy costeó la publicación del tercer tomo.
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A principios de 1842, Darwin escribió una carta a Lyell exponiéndole sus ideas, quien observó que su camarada "se negaba a ver un origen para cada grupo similar de especies".
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Darwin publicó en mayo sus estudios sobre los arrecifes coralinos.
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Su querida hija Anne Darwin enfermó, avivando los temores de Darwin de que su mal pudiera ser hereditario, y tras una serie de crisis falleció.
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Darwin le había a encontrado homologías que indicaban que mínimas alteraciones morfológicas permitían a los organismos cumplir nuevas funciones en nuevas condiciones. Por este trabajo ganó la Medalla Real concedida por la Royal Society.
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El título completo de la primera edición fue On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life (El origen de las especies por medio de la selección natural, o la preservación de las razas favorecidas en la lucha por la vida). En su sexta edición de 1872, el título corto fue modificado a The Origin of Species (El origen de las especies).
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Publicó "La fecundación de las orquídeas", ofreció la primera demostración detallada del poder de la selección natural, explicando las complejas relaciones ecológicas y haciendo verificables las predicciones.
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Con "El origen del hombre, y la selección en relación al sexo", Darwin ofreció múltiples evidencias que situaban al ser humano como una especie más del reino animal.
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"La expresión de las emociones en el hombre y los animales", una de las primeras publicaciones acompañada de fotografías impresas, que discutía la continuidad de la psicología humana con la conducta animal.
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Aunque era reticente a manifestar su opinión sobre cuestiones religiosas, en 1879 afirmó que nunca se había considerado un ateo, y que el término agnóstico "sería una descripción más correcta de mi estado de ánimo".
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Muere en su hogar: Down House, Kent, Inglaterra.
