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el capitán Juan de Oñate fundó la villa de Guadalajara de Indias en el territorio de Nochistlán. En agosto de 1533 la villa se trasladó a Tonalá, pero ante las presiones de Nuño de Guzmán
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Tras la gran batalla del 28 de septiembre de 1541, y al grito de ¡El Rey es mi gallo! Ignorando a Beltrán de Guzmán, al fin Guadalajara se estableció en el valle de Atemajac a mediados de febrero de 1542. Ya para entonces el emperador Carlos V, la había elevado al rango de ciudad y le otorgaba un escudo de armas con los leones
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el Colegio de Santo Tomás de Aquino a cargo de la Compañía de Jesús, inició en Guadalajara la impartición de la enseñanza media y superior y se otorgaron los primeros grados académicos. En 1695 se estableció el Colegio de San Juan Bautista, para reforzar la educación impartida por los jesuitas.
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El obispo fray Felipe Galindo y Chávez en el documento Benedictionem dabit Legislator, comunicó a sus diocesanos que había pedido al rey Carlos II, que elevara al rango de universidad. Y así se inició casi un siglo de gestiones, para obtener la fundación de la Universidad de Guadalajara
El abogado Matías Ángel de la Mota Padilla, quien en 1750 logró involucrar en el proyecto al Ayuntamiento de Guadalajara, corporación que continuó las gestiones hasta el final. -
se clausuraron los Colegios de Santo Tomás y de San Juan. Entre los clérigos expulsados iba el célebre humanista Francisco Javier Clavigero, quien venía realizando una profunda modernización de los estudios filosófico.
En Guadalajara su vigésimo segundo obispo, fray Antonio Alcalde y Barriga, quien vendría a impulsar definitivamente la fundación de la Universidad. -
En el monasterio de San Lorenzo del Escorial, el rey Carlos IV otorgó la Cédula Real de Fundación de la Universidad, la cual en su parte medular dice: “El Rey […] he resuelto que se erija y establezca Universidad en esa Ciudad y que se le aplique solamente el edificio del Colegio de Santo Tomás.
Se recibió con gran júbilo en Guadalajara, la Cédula Real de la Fundación de la Universidad. -
el 3 de noviembre de 1792, se inauguró solemnemente la Real Universidad de Guadalajara, con la misa que ofició el deán de la catedral, Salvador Antonio Roca y Guzmán y el acto académico en el cual se leyó la Real Cédula de Fundación, se recibió el juramento de las autoridades y catedráticos fundadores y el doctor José Ángel de la Sierra, pronunció una emotiva oración latina.
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De 1821 a 1826, hubo tres rectores, destacando el doctor Diego Aranda y Carpinteiro, diputado a las Cortes de Cádiz y al primer Congreso Constituyente mexicano, canónigo de la catedral y obispo de Guadalajara; mandó construir las actuales torres catedralicias y concluyó el Hospicio Cabañas.
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El 16 de enero de 1826 el Congreso del Estado de Jalisco decretó la primera clausura de la Universidad. Y el 29 de marzo inmediato, el gobernador del Estado, Prisciliano Sánchez estableció el Instituto de Ciencias y para dirigirlo nombró al matemático francés Pierre Lissaute.
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La nueva institución fue inaugurada el 14 de febrero de 1827, con las nuevas cátedras de Gramática, Matemáticas, Arquitectura, Medicina Legal y Derecho Constitucional.
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Hubo seis rectores, entre los más notables estaban los canónigos y grandes oradores Juan Nepomuceno Camacho y Francisco Espinosa y Dávalos, durante su gestión se restauró el Colegio de San Juan Bautista para atender la educación media y se dejó sentir la gran influencia intelectual de fray Manuel de San Juan Crisóstomo Nájera.
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El gobernador del Estado, José Antonio Romero, decretó la primera restauración de la Universidad y la consecuente supresión del Instituto de Ciencias. Reanudó su período rectoral, el doctor De la Rosa y se elaboraron nuevos planes de estudio, con introducción de la cátedra de Matemáticas.
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El Congreso del Estado de Jalisco decretó el Plan General de Enseñanza Pública que suprimió tanto la Universidad como el Colegio de San Juan Bautista y restableció la Junta Directora de Estudios y el Instituto de Ciencias y además fundaba el Liceo de Varones y el Liceo de Señoritas.