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La violencia entre el gobierno derechista y la oposición izquierdista degeneró en una guerra civil. La izquierda se organizó en la agrupación que buscaba recoger el testimonio de Farabundo Martí, el denominado Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional (FMLN), liderado por Schafik Handal, Salvador Cayetano Carpio y Joaquín Villalobos, con apoyo de los sectores campesinos organizados en las zonas rurales y entre los sectores obreros urbanos.
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24 de marzo de 1980 el Arzobispo de San Salvador, Monseñor Óscar Arnulfo Romero, se presume, fue asesinado por Marino Samayor Acosta, bajo las órdenes de Roberto d'Aubuisson, durante la celebración de una misa, en la capilla del hospital Divina Providencia.
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Masacre de El Mozote es el nombre que reciben un conjunto de masacres contra población civil cometidos por el batallón Atlácatl (formado por la CIA en la Escuela de las Américas, en Panamá) de la Fuerza Armada de El Salvador, durante un operativo de contrainsurgencia, realizado los días 10, 11 y 12 de diciembre de 1981, en los cantones (aldeas) de El Mozote, La Joya y Los Toriles, en el norte del departamento de Morazán, en El Salvador.
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El Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional lanzó lo que llamó una "ofensiva final", después rebautizada como "ofensiva general", contra el gobierno salvadoreño, encabezado por la Junta Revolucionaria de Gobierno. El objetivo declarado era la toma del poder antes de la toma de posesión del presidente de Estados Unidos, Ronald Reagan, que ocurriría el 20 de enero de ese mismo año.
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Se atribuyó la insurrección, la Ofensiva general de 1981 a inicios del mes de enero del mismo año, a una conspiración soviético-cubano-nicaragüense y el 23 de febrero se dio a conocer un documento elaborado por la Agencia Central de Inteligencia (CIA) demostrando el envío de armas a los guerrilleros salvadoreños desde Nicaragua. Muchos sandinistas dejaron sus hogares y se fueron a El Salvador a combatir del lado del FMLN.
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El Ejército Popular Sandinista (EPS) de ese país apoyó al FMLN enviándole armas de origen soviético, tales como los fusiles de asalto AK-47 y ametralladoras ligeras RPK, ambos de calibre 7,62 x 39 mm; las ametralladoras PKM de 7,62 x 54 R y las bazucas antitanque RPG-7 a través del Golfo de Fonseca, pero tras las acusaciones de Estados Unidos de este apoyo ante la ONU, Nicaragua dejó de mandar ayuda en 1982.
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Duros combates en las poblaciones de Berlín, San Francisco Javier y San Agustín en el departamento de Usulután.
74 civiles mueren en la denominada Masacre de las Hojas de la cual son culpados efectivos militares.
Masacre de Copapayo en la que son asesinadas unas 150 personas por efectivos del batallón Atlacatl.
La guerrilla salvadoreña ocupa el cuartel de El Paraíso, sede de la cuarta brigada de infantería. -
La Fuerza Armada del gobierno abandona el concepto de defensa permanente de terreno. El FMLN extiende su accionar guerrillero a todo el territorio nacional. Se crean los poderes populares como instancias de poder político paralelo y de defensa ante los bombardeos.
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La elección presidencial de El Salvador de 1984 fue el día domingo 25 de marzo de 1984, con una segunda vuelta el domingo 6 de mayo de 1984. La población salvadoreña eligió un nuevo presidente y vicepresidente, para un mandato de cinco años. El resultado le dio la victoria a José Napoleón Duarte del Partido Demócrata Cristiano. La elección tomó lugar en medio de la Guerra Civil Salvadoreña, pero fue considerada la primera elección libre y justa desde 1931.
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El secuestro realizado el 10 de septiembre de 1985, y atribuido a miembros del Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional, fue utilizado por la guerrilla, para negociar un intercambio entre la hija del presidente y su compañera y la liberación de miembros del FMLN que habían sido capturados; después del canje la hija del presidente y su acompañante fueron liberadas el 24 de octubre de 1985 en la localidad de Tenancingo.
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Terremoto en San Salvador :inició a las 11:49 de la mañana hora local (17:49 UTC), del viernes 10 de octubre de 1986, con una magnitud de 7.5 grados en la escala de Richter y una intensidad de IX en la escala de Mercalli.
El presidente Duarte arriba a la Universidad de El Salvador para constatar los daños del terremoto; pero es recibido hostilmente por los estudiantes. -
Ronda de la nunciatura, la cual no se llega ningún acuerdo, pese a la presión de países extranjeros.
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ARENA declara la victoria en 13 de las 14 cabeceras departamentales.
El Concejo Central de Elecciones manifiesta que ARENA obtuvo 30 diputados en la Asamblea Legislativa; PDC, 23 y PCN, 7. -
El FMLN lanza un ataque sobre la Central Hidroeléctrica 5 de Noviembre.
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El 2 de noviembre de 1989, el FMLN anuncia el retiro de la mesa de diálogo por el atentado a Fenastras.
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El 11 de noviembre de 1989, El FMLN lanza la "Ofensiva hasta el tope", la cual la misión de esta ofensiva era tomar el poder de la ciudad capital San Salvador, y también se vieron presionados ante el debilitamiento de la URSS, y también ejercer presión al gobierno para demostrar la capacidad de lucha y su fuerza militar.
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Las 2 partes aceptaron que la guerra era
interminable y que ninguna de las partes ganaría militarmente, así que el FMLN dio ofertas de paz al principio de la guerra, los cuales el gobierno rechazo o no las tomaban en serio, pero después de la Ofensiva Hasta el tope el presidente Alfredo Cristiani y otros funcionarios del gobierno debieron de aceptar a regañadientes, se logró que la ONU oficiara de mediador en el conflicto y se iniciaron
conversaciones a fin de encontrar una solución a la guerra. -
El 13 de enero, el presidente Cristiani da a conocer los nombres de nueve militares involucrados en la masacre de los jesuitas y dos de sus empleadas. Buscando satisfacer las demandas y la presión internacional.
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Se reinicia el diálogo entre el Gobierno salvadoreño y el FMLN en Caracas, Venezuela. El cual llegan a un acuerdo para negociar el fin de la guerra civil el 16 de mayo.
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El Gobierno y el FMLN emiten el "Acuerdo de San José" sobre el tema de Derechos humanos y meses después el presidente Alfredo Cristiani ofrece el cese al fuego unilateral en las Naciones Unidas, siempre y cuando el FMLN tome la misma decisión.
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A finales de 1991 la ONU certificó que ambos bandos habían cumplido con sus compromisos y los convocó a la firma de los Acuerdos de Paz de Chapultepec
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Los Acuerdos de Paz de El Salvador fueron un conjunto de acuerdos firmados el jueves 16 de enero de 1992 entre el Gobierno de El Salvador y el Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional (FMLN) en el Castillo de Chapultepec, México, que pusieron fin a doce años de guerra civil en el país.
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Entre los años de 1979 y 1992, la República de El Salvador, en la América
Central, estuvo sumida en una guerra que hundió a la sociedad salvadoreña
en la violencia, le dejó miles y miles de muertos y la marcó con formas
delincuenciales de espanto; hasta el 16 de enero de 1992, en que las voluntades reconciliadas firmaron los Acuerdos la paz en el Castillo de Chapultepec en México, e
hicieron brillar de nuevo la luz para pasar de la violencia y conflictos a la esperanza y la Paz.
