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El obispo fray Felipe Galindo, comunicó a sus diocesanos que había pedido al rey Carlos II, que elevara al rango de universidad al recientemente fundado Real Seminario Conciliar de San José. Y así se inició casi un siglo de gestiones, para obtener la fundación de la Universidad de Guadalajara,
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Contestó la real cédula del rey Carlos III, quien lo consultaba sobre la conveniencia de establecer una universidad en la Nueva Galicia. Él contestó que era PRIMORDIAL fundarla para lograr “el adelantamiento de la juventud, que por falta de universidad se atrasan en sus estudios”.
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En el monasterio de San Lorenzo del Escorial, el rey Carlos IV otorgó la Cédula Real de Fundación de la Universidad, la cual en su parte medular dice: “El Rey […] he resuelto que se erija y establezca Universidad en esa Ciudad y que se le aplique solamente el edificio del Colegio de Santo Tomás, que fue de los regulares expulsos y los capitales de sus obras pías […]”
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Se inauguró solemnemente la Real Universidad de Guadalajara, con la misa que ofició el deán de la catedral, Salvador Antonio Roca y Guzmán y el acto académico en el cual se leyó la Real Cédula de Fundación, se recibió el juramento de las autoridades y catedráticos fundadores y el doctor José Ángel de la Sierra, pronunció una emotiva oración latina.
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El primero José María Gómez y Villaseñor, figura principal durante el Gobierno Insurgente en Guadalajara. Juan José Moreno, humanista, gran biógrafo de Vasco de Quiroga. José Simeón de Uría, canónigo, diputado a las Cortes de Cádiz, en las cuales destacó como el gran defensor de los derechos raciales de las castas y de los negros, ETC
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El Congreso del Estado de Jalisco decretó el Plan General de Enseñanza Pública que suprimió tanto la Universidad como el Colegio de San Juan Bautista y restableció la Junta Directora de Estudios y el Instituto de Ciencias y además fundaba el Liceo de Varones y el Liceo de Señoritas.