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La primera fundación de Guadalajara fue en Nochistlán, Zacatecas. La tierra era poco fértil debido a la falta de agua y a los ataques de los caxcanes, por lo que tuvo que buscarse otro lugar para fundar Guadalajara.
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La segunda fundación de Guadalajara fue en Tonalá. Duraron ahí hasta que Nuño Beltrán ordenó que se movieran.
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La tercera fundación de Guadalajara fue en Tlacotán (Ixtlahucán del Río). Sufrían de ataques constantes por parte de tribus indígenas, por lo que tuvo que buscarse otro lugar para fundar Guadalajara.
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La cuarta fundación de Guadalajara fue en el Valle de Atemajac (Tetlán). Ésta fue la última vez que Guadalajara fue fundada y en la actualidad, sigue así.
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Pueblo fundado por indios traídos del Valle de México por el virrey Antonio Mendoza, los cuales venían en calidad de auxiliares de las tropas españolas para combatir la rebelión cazcana del Mixtón. Después de ganar la guerra, algunos de ellos quisieron quedarse, se casaron con indias de la Galicia y se les permitió asentar su población al Poniente.
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La ciudad de Guadalajara fue fundada en el Valle de Atemajac, rodeada por el Río San Juan de Dios, que con sus cauces y ramificaciones llegó a enmararla. Nació debido a que en las orillas de dicho afluente se construyeron cuatro molinos de trigo que abastecían de dicho alimento a la ciudad finalizando el siglo XVI.
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Mucho antes de que llegaran los españoles a América, ya existía el pueblo de Mezquitán. Pertenecía al reino prehispánico de Tonalá y estaba habitado por indios tecuexes. Su población original prácticamente desapareció a raíz de la conquista, repoblándose en los primeros tiempos de Guadalajara con algunos bravíos “cazcanes”, que se vieron reducidos después de su derrota por el ejército del Virrey Don Antonio de Mendoza.
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Fue un pueblo indígena fundado por franciscanos y hasta 1821 se le reconoció como barrio de Guadalajara. Los caxcanes y otros indios de estas tierras no eran sedentarios, eran gente acostumbrada a la caza, rebeldes. Ellos enseñaron a los indígenas varios oficios. La gente de Guadalajara venía al entonces pueblo a encargar trabajos; ese distanciamiento hizo que el barrio tuviera gobierno propio.