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Locke fue enviado a la prestigiosa Westminster School en Londres, bajo el patrocinio de Alexander Popham, un miembro del Parlamento y exjefe de su padre
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Conoció a lord Anthony Ashley Cooper, primer conde de Shaftesbury, que había llegado a Oxford en busca de tratamiento médico para una infección del hígado. Cooper estaba impresionado con Locke y lo convenció para convertirse en parte de su comitiva.
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Se trasladó a la casa de lord Ashley en Exeter House, en Londres, para servir como su médico personal. En Londres, reanudó sus estudios de medicina bajo la tutela de Thomas Sydenham. Sydenham tuvo un efecto importante en el pensamiento filosófico natural de Locke —un efecto que se haría evidente en el Ensayo sobre el entendimiento humano—.
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Tuvo lugar una reunión en la casa de Shaftesbury, que fue descrita en la «Epístola al lector» del Ensayo sobre el entendimiento humano, que inspiró el Ensayo
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Publican su obra del Ensayo sobre el entendimiento humano