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Surge el "contrabandeo" de mercancías. Hacia finales de la década, en la región de la Sierra Nevada de Santa Marta y La Guajira, comienza el cultivo a gran escala de marihuana ("la bonanza marimbera") para exportación hacia EE. UU.
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Carlos Lehder introduce un innovador modelo de negocio: comprar la cocaína en Colombia y controlar directamente su transporte y distribución en EE. UU. usando aviones y rutas marítimas. Esto aumenta enormemente las ganancias y consolida el poder del cartel liderado por Pablo Escobar y Gonzalo Rodríguez Gacha, entre otros.
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El Cartel de Medellín, liderado por Rodríguez Gacha, inicia una guerra contra el emergente Cartel de Cali (los hermanos Rodríguez Orejuela y Santacruz Echeverry) y contra la guerrilla del M-19, a quienes acusa de secuestrar y extorsionar a sus familiares.
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Es asesinado el Ministro de Justicia, Rodrigo Lara Bonilla, por orden de Pablo Escobar. Lara Bonilla fue el primer político de alto rango en enfrentar abiertamente a los narcos, llamándolos "mafiosos". Este hecho marca el inicio del terrorismo narco.
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El grupo guerrillero M-19 toma el Palacio de Justicia en Bogotá. Aunque las motivaciones del M-19 eran políticas, existen fuertes indicios de que el Cartel de Medellín financió la operación para destruir expedientes de extradición en su contra.
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En un intento desesperado por presionar al gobierno para prohibir la extradición, el Cartel de Medellín escala su violencia: Noviembre: Hacen estallar un avión de Avianca (Vuelo 203) para matar a un informante. Diciembre: Un carro-bomba destruye las instalaciones del DAS (Departamento Administrativo de Seguridad) en Bogotá, dejando más de 60 muertos.
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Tras años de persecución por parte de un grupo élite de la Policía Nacional (Bloque de Búsqueda), apoyado por fuerzas de EE. UU. y los "Pepes" (Perseguidos por Pablo Escobar), el capo es abatido en un tejado en Medellín. Simbólicamente, marca el fin del Cartel de Medellín.
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Tras la caída de Medellín, el Cartel de Cali se convierte en el hegemónico. Sin embargo, una intensa operación liderada por la DEA y la Policía Colombiana resulta en la captura sucesiva de sus principales líderes (Gilberto Rodríguez, Miguel Rodríguez, José Santacruz y Helmer "Pacho" Herrera) entre 1995 y 1996.
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Se formalizan las AUC, un grupo paramilitar de ultraderecha. Su financiamiento provino en gran medida del "impuesto" al narcotráfico, controlando rutas y territorios para cultivar y procesar coca. Se convirtieron en un actor narcoviolento crucial en el conflicto.
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Tras la desmovilización de las AUC (2003-2006), sus estructuras criminales no se disolvieron sino que se reagruparon en lo que se denominó Bandas Criminales (BACRIM), como los Urabeños (Clan del Golfo) y Los Rastrojos, que toman el control del negocio a menor escala pero de forma más descentralizada.
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El ejército colombiano bombardea un campamento de las FARC en Ecuador, dando muerte a Raúl Reyes, su portavoz y número dos. Esta operación reveló la profunda conexión entre la guerrilla y el narcotráfico, al encontrar pruebas de que las FARC financiaban su guerra con impuestos a la coca.
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Es abatido en un operativo militar Guillermo León Sáenz, alias Alfonso Cano, sucesor de Manuel Marulanda y máximo líder de las FARC. Su muerte fue un golpe estratégico a la cúpula guerrillera.
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El gobierno de Juan Manuel Santos y las FARC firman el Acuerdo de Paz final en Cartagena. El acuerdo incluía el compromiso de las FARC de desmovilizarse y dejar las armas, así como de contribuir a la sustitución de cultivos ilícitos. Sin embargo, disidencias de las FARC siguen activas en el narcotráfico.
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Es capturado en una operación militar masiva en Antioquia el líder del Clan del Golfo, considerado el narcotraficante más buscado del país en ese momento. Su captura y posterior extradición a EE. UU. mostraron el poder de las BACRIM que sucedieron a los grandes carteles.
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El panorama actual se caracteriza por una alta fragmentación. Pequeños grupos y disidencias (como la disidencia de las FARC comandada por alias Iván Márquez, o el Ejército de Liberación Nacional - ELN) compiten por el control de territorios, rutas de narcóticos y economías ilegales, manteniendo el narcotráfico como el combustible principal del conflicto armado en Colombia.