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Elegido presidente por mayoría abrumadora, Rafael Núñez toma posesión. Inicia de inmediato la política de regeneración administrativa. Pone freno al librecambismo, concentra la capacidad de emisión monetaria en el Banco Nacional y promueve un programa de protección a la industria artesanal.
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Se adopta una nueva Constitución, de tipo mixto entre federalistas y centralistas. Se levanta el censo general de la República, que arroja dos millones cien mil habitantes.
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El general Español Rafael Del Riego se rebela con la marina en las cabezas de San Juan e impide la salida de la expedición preparada para reforzar a los ejércitos realistas mandadas por el generalísimo Pablo Morillo en tierras americanas. A la rebelión de Del Riego contribuye de manera decisiva, desde su prisión en Cádiz, el neogranadino Antonio Nariño. Fernando VII se ve obligado a implantar una constitución liberal.
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Las tropas federalistas al mando de Baraya lanzan ataque total contra Santafé y son aparatosamente derrotadas. El congreso queda a merced de Cundinamarca. Nariño, sin embargo, no toma represalias.
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Simón Bolívar declara la guerra a muerte contra los Españoles.
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Nariño dimite a la Presidencia de Cundinamarca, que es rechazada por el Colegio Electoral.
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El Colegio Electoral de Cundinamarca concluye y aprueba la reforma de la Constitución.
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Combate del Bajo Palacé, es el primero que se produce entre tropas patriotas y peninsulares. Los patriotas, al mando de Antonio Baraya, recuperan Popayán.
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Antonio Nariño publica La Bagatela, primer periódico político,hace campaña a favor del centralismo y se enfrenta a los federalistas, orientados por Camilo Torres.
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Un movimiento de opinión estimulado por los artículos de La Bagatela, presiona la renuncia del presidente Jorge Tadeo Lozano, Antonio Nariño lo sucede.
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Nariño expulsa de Cundinamarca al arzobispo de Bogotá, Juan Bautista Sacristán, por conspirador.
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Nariño Instala el Colegio Electoral de Cundinamarca.
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Estalla un motín del pueblo en Santafé, hábilmente dirigido por José María Carbonell. La multitud converge a la plaza mayor y a gritos pide cabildo abierto. Amar accede a presidir la Junta Suprema del Nuevo Reino de Granada y se firma un acta, conocida como de la independencia, animada por Carbonell, la muchedumbre exige la prisión de Amar y de su esposa, en Diciembre se forma el primer congreso de las provincias, que se prolongará hasta febrero del año siguiente.
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Los notables de Santafé se reúne con el virrey Amar para acordar nueva forma de gobierno, en vista de las graves noticias sobre la situación en la península, dominada por Napoleón. El canónigo Andrés promueve una conspiración para declarar un gobierno autónomo.
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Comienzan los tratados del Observatorio Astronómico de Santafé, bajo la dirección de fray Domingo de Petrez.
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Se publica en Santafé el Correo Curioso, Económico y Mercantil, dirigido por José de Azuola y Jorge Tadeo Lozano.
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Formación del Colegio Constituyente de Cundinamarca, creación del Estado de Cundinamarca. Jorge Tadeo Lozano es nombrado Presidente.
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La provincia de Cartagena declara su absoluta independencia de España.
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El congreso emite el Acta de Federación de las Provincias Unidas de la Nueva Granada, sin la participación de Cundinamarca, que la veta.
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Los federalistas declaran la oposición al gobierno de Antonio Nariño y trasladan a Tunja la sede del Congreso. Las tropas enviadas por el presidente Nariño al mando de Antonio Baraya y de Joaquín Ricaurte, para auxiliar a los patriotas de Cúcuta, se rebelan contra Nariño y se unen al Congreso.
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El congreso traslada su sede a Santa Fe. Camilo torres es elegido Presidente de las Provincias Unidas. En marzo, Bolívar marcha con las tropas patriotas hacia Cartagena con el propósito de contribuir a la liberación de Santa Marta, pero tropieza con la hostilidad en Cartagena, y abandona el mando del ejército. En mayo deja la Nueva Granada y se embarca rumbo a Jamaica.
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Se reúne en la ciudad de Ocaña una convención Constituyente, que fracasa por enconados enfrentamientos entre los partidarios del vicepresidente Santander y el presidente Bolívar. Este disuelve la Convención y proclama, el 27 de agosto, un gobierno provisional mientras convoca una nueva constituyente.
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Conspiración del general José Sardá contra el presidente Santander. Los conjurados son descubiertos y 18 de ellos fusilados por orden del presidente Santander. Sardá escapa, pero es atrapado en una casa de Bogotá y muerto en el sitio.
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Esperanzados en que el general José María Obando adoptará reformas económicas que protejan la industria artesanal, los artesanos apoyan su candidatura. El 10 de abril, Obando toma posesión de la Presidencia. Su discurso anuncia que las medidas neoliberales continuarán y provoca un desencanto tremendo entre los artesanos. La recesión se agudiza. Se aprueba nueva Constitución de tipo federalista.
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El general Tomás Cipriano de Mosquera, Presidente del Cauca, se rebela contra el gobierno general.
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Los Constituyentes sometieron al pis a las catacumbas del catolicismo radical
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Los enfrentamientos entre liberales y conservadores domino la panorámica de Colombia en el momento por esto se llevo las guerras o conflictos regionales y guerras civiles nacionales
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La regeneración, fue el periodo en el que los conservadores pusieron fin al mandato liberal, la iglesia jugo un papel importante en este periodo histórico debido a que los conservadores desechaban a la iglesia en el ámbito político
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Condicionaron a prosperas regionales a las que obligaron a ser el poder central de Bogota
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Se promulga la nueva Constitución y la nación adopta, el nombre de República de Colombia. Queda abolido el federalismo. Los antiguos estados soberanos se convierten en departamentos. La libertad absoluta de prensa es sustituida por “prensa libre pero responsable en tiempos de paz”. Se implanta un rígido control de cambios y se promueven diversos estímulos a la industria nacional.