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Con el triunfo de Rafael Núñez, disidente del liberador, se estableció un largo periodo conocido como la Regeneración, donde los conservadores se mantuvieron en el poder.
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Convirtió a Colombia en una República unitaria, donde los gobernadores eran elegidos por los mismos presidentes y el poder de la iglesia fue restituido
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Los conservadores se dividían en dos facciones: nacionalistas e históricos, y los liberales en: radicales y moderados
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Fue elegido presidente y siguió el régimen de la regeneración conservadora. Provocó el repudio de la facción histórica conservadora.
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Sanclemente abandonó la sede del gobierno y dejó en su lugar al vicepresidente José Manuel Marroquin, pero como no estaba de acuerdo con las decisiones de éste, volvió a tomar su puesto de Presidente.
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24 de diciembre, la vanguardia del ejercito liberal entró triunfal a la ciudad de Pamplona
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Los liberales radicales pensaban que solo mediante las armas se lograría cambiar las cosas. El liberal Paulo Emilio Villar, un liberal, ordena atacar con una tropa improvisada, en Bucaramanga; iniciando así una guerra que duraría más de Mil Días
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A pesar que ya contaba con un ejército entrenado, el gobierno decidió reclutar a civiles de las clases más bajas a la fuerza. Incluido de niños
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Los liberales estaban al mando del político Rafael Uribe Uribe, del General Benjamín Herrera y el General Justo Leónidas Durán y reclutaron 5.000 civiles, incluido mujeres y niños.
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Cipriano Castro, dictador de Venezuela, apoyó a los liberales, con el sueño de unir las dos naciones
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El presidente Eloy Alfaro, de Ecuador, apoyó a los liberales con armas y milicianos.
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15 de diciembre, los liberales lograron sobreponerse a sus rivales, los cuales huyeron.
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Duró 16 días. Inició el 11 de mayo. Los conservadores buscaban impedir que los liberales llegaran a Santa Fe. Los liberales huyeron.
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Los liberales fueron diezmados. La guerra se trasladó a todos los pueblos formándose una guerrilla al mando de Ramón Marín, controlando las guerrillas del Tolima, enfrentándose entre ellas.
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31 de julio, Sanclemente fue derrotado por los miembros de la facción conservadora histórica y por los miembros del partido liberal, para nombrar a Marroquín como nuevo presidente.
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El gobierno promulgó un decreto donde ofrecía amnistía a los rebeldes si se entregaban antes del 01 de junio, pero pocos se entregaron.
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Uribe Uribe decide rendirse y el 24 de octubre firmó un armisticio
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El General Herrera, aunque se encontraba fortalecido, puso fin a la guerra el 21 de noviembre, en el barco de guerra de EEUU llamado Wisconsin. Comisionados conservadores y liberales acordaron la paz con amnistía a todos los rebeldes que se acogieran al acuerdo.
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Cambió las armas por ideas y retomó su carrera política. Impulsó la educación universitaria moderna y el derecho laboral colombiano. Fue elegido senador de la República.
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EEUU apoyó los movimientos de independencia de Panamá, para beneficios capitalistas propios.
