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En la antigüedad, las enfermedades en las plantas de los cultivos, se creía que eran producto de castigos divinos o acciones de seres sobre naturales, como espíritus malignos o demonios.
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Muchas culturas de la edad media creían que las enfermedades que surgían en las plantas eran un tipo de castigo de los dioses o deidades. Por lo cual realizaban rituales y ofrendas con la esperanza de poder ponerle fin a las enfermedades que afectaban a las plantas
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Al rededor de los años 1200 d.c en la Europa medieval, se realizaban procesiones religiosas con el fin de poder detener las plagas agrícolas.
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Se creía que los astros tenían alguna relación con la salud de los seres vivos en el reino de las plantas. En las enfermedades se creía que estas se atribuían a alineaciones planetarias o fenómenos astronómicos.
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Del siglo XIV al siglo XVI, en el Renacimiento, astrónomos como Johannes Kepler estudiaban la influencia de los astros en la vida en la Tierra.
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Poder adaptar la teoría de la humoral de la medicina a la fitopatología, fue uno gran reto para la época se cría que las enfermedades en plantas surgían por desequilibrio en los fluidos esenciales de los organismos vegetales.
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En esta época, se suponía que el miasma, eran vapores o exhalaciones provenientes del suelo y la descomposición de la materia orgánica, los cuales eren responsable de la aparición de las enfermedades en las plantas.
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En 1665, la Gran Plaga de Londres refuerza la creencia en los miasmas como causa de enfermedades.
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Algunos científicos sospechaban que microorganismos podían estar relacionados con las enfermedades en plantas, pero no había pruebas concluyentes
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Antonie van Leeuwenhoek (1674) observa microorganismos con su microscopio, sentando las bases de la microbiología.
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Con los trabajos de Louis Pasteur y Robert Koch, se estableció que microorganismos específicos eran la causa de las enfermedades en seres vivos, incluyendo plantas. Se identificaron bacterias y hongos como agentes patógenos
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En 1861, Pasteur demuestra que los microorganismos causan fermentación y enfermedades.
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Se identificaron los primeros virus como causantes de enfermedades en plantas, como el virus del mosaico del tabaco.
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En 1892, Dmitri Ivanovsky describe el virus del mosaico del tabaco, iniciando la virología.
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Se descubrió que ciertos gusanos microscópicos (nemátodos) y otros organismos también podían causar enfermedades en cultivos.
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En 1941, se identifican nemátodos fitopatógenos que afectan cultivos de papa y trigo
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Se han desarrollado nuevas perspectivas sobre la fitopatología, incluyendo estudios sobre la interacción planta-microorganismo y los efectos del cambio climático en la sanidad vegetal.
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En 2001, se completa el Proyecto Genoma Vegetal, permitiendo un mejor estudio de la resistencia a enfermedades en plantas.