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La escuela se fundó en la ciudad de Pachuca en febrero de 1869 con el nombre de Instituto Literario y Escuela de Artes y Oficios, por iniciativa de un grupo de profesionistas: Don Agustín Cárdenas, el Dr. Miguel Varela y el Dr. Marcelino Guerrero.
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El reglamento interno se expidió en 1872, estuvo inspirado en las ideas de la filosofía positivista y de entonces data el lema "Amor, Orden y Progreso", que hoy identifica a la UAEH
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En 1875 la escuela, que funcionaba en una casa alquilada en la calle de Allende, se trasladó al edificio del que fuera hospital de San Juan de Dios.
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En la segunda etapa, de 1911 a 1925, el instituto sufrió consecuencias de la guerra civil, provocando que estuviera a punto de ser clausurado en dos ocasiones.
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En 1921 se le incorporan otras escuelas, llamándose Universidad de Hidalgo
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En 1925 la Universidad recupera el nombre de Instituto Científico y Literario.
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En la década de los cuarenta se abrieron estudios profesionales para las carreras de Medicina, Derecho e Ingeniería, en sus dos primeros años.
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Proviene del entusiasmo estudiantil de los años cuarenta.
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En 1948 la autonomía hacia la Universidad fue otorgada por el gobernador Vicente Aguirre del Catillo
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El 24 de febrero de 1961, la XLIII Legislatura Local promulga el decreto número 23 que crea la actual Universidad Autónoma del Estado de Hidalgo.