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O monarca visa obter de Roma uma delegação de poderes em matéria de luta contra a heresia, de modo a que o poder real passe a deter o domínio de repressão sobre este tipo de delito. O Papa limita-se, contudo, a designar um representante seu como inquisidor em Castela, que pode subdelegar os seus poderes
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O monarca escreve a D. Miguel da Silva, solicitando-lhe que se empenhasse em obter junto do Papa uma bula que concedesse e outorgasse a Portugal a “Samta Inquesiçam”, a qual deveria tiver as mesmas características do que a Inquisição castelhana
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Este deveria ser perpétuo e régio, ou seja, caberia aos monarcas portugueses escolher e indicar todos os elementos que o constituiriam. O tribunal deveria ser totalmente independente, face às autoridades diocesanas, o que significava que os bispos deixavam de poder julgar os casos de heresia e, consequentemente, não interpunham em matéria de absolvições e penas a impor aos hereges
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Esta determinava quais os “crimes” que caíam sob a alçada inquisitorial (conversos criptojudaizantes, cristãos que se tivessem convertido ao judaísmo, luteranos). A instituição, contrariamente ao requerido por D. João III, deveria articular-se com os bispos das dioceses, quando estes quisessem ter intervenção no apuramento das condutas hereges e sua punição
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O monarca sustenta o seu pedido nas informações prestadas pelos frades pregadores, pelos bispos e outros eclesiásticos sobre o comportamento judaizante dos conversos. D. João III, apoiado por prelados, pelas figuras gradas do reino e por letrados, considera necessário pedir a instituição do Tribunal do Santo Ofício “…pera remedido de tantos males e salvaçam das almas desta gente [dos conversos] e pera se non coromper mais a christandade nestes regnos”
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Repudia a forma como os cristãos-novos tinham sido coagidos ao batismo e sublinha que o chamamento à fé cristã devia assentar na misericórdia e não no castigo
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Ao mesmo tempo, solicita à Santa Sé um novo articulado para a bula do perdão, insistindo na revogação da expedida pelo Papa, e reclama, novamente, a independência da Inquisição perante a hierarquia diocesana
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A partir dessa decisão real, seria possível encontrar uma nova plataforma de acordo entre o monarca e o Papa, que permitira obter deste a bula da Inquisição
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Porém, mantem a discórdia com Clemente VII, que se vinha a arrastar desde 1533, sobre o perdão proposto pelo Papa poder beneficiar os já sentenciados
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Durante dez anos os bens dos condenados não são confiscados, podendo os seus herdeiros reclamá-los para si; durante esse mesmo período, os que caírem sob a alçada da Inquisição têm direito a conhecer os nomes daqueles que os acusam, de modo a poderem contraditar as acusações que lhes são feitas
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Contrariamente à decisão de D. João III que indigitara para o cargo de inquisidor geral o bispo de Lamego, Paulo III nomeia para inquisidores gerais, além deste, os bispos de Coimbra e Ceuta. Um quarto elemento juntar-se-ia a estes, o qual era nomeado pelo rei. A participação dos bispos nos processos de heresia mantem-se, desde que estes assim o desejem. A bula de Paulo III estipula ainda a existência, no futuro, de um Inquisidor Geral e de um Conselho Geral da Inquisição
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Isto diminuiu a autonomia da instituição inquisitorial, uma vez que são conferidas ao núncio amplas atribuições: a de examinar todos os processos, as de absolver e punir os casos de heresia, apostasia e blasfémia, as de constituir um juiz apelatório mesmo em questões pertencentes à Santa Sé ou ainda de poder interditar o exercício de cargos por inquisidores tidos como não competentes
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Funcionam tribunais em Lisboa, Évora, Porto, Coimbra, Tomar e Lamego, em grande medida dependentes da ação isolada dos respetivos prelados das dioceses e servindo-se das infraestruturas judiciais das respetivas dioceses
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Autoriza que saiam de Portugal e vendam, no exterior, os seus bens com uma contribuição de 250 000 cruzados, para financiamento da guerra em África
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