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Es probable que ya se utilice masa de levadura sin saberlo, ya que da como resultado un pan más ligero y sabroso.
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Los sumerios en Mesopotamia, y poco después los egipcios, utilizaban pulpa de grano para la producción de cerveza y jugos de frutas azucarados para la producción de vino. Se elaboran pan de masa madre y productos lácteos fermentados (queso). Se utiliza vinagre como conservante.
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En Asia (China, Japón), la soja se fermenta con la ayuda de hongos y bacterias (salsa de soja) y se produce vino de arroz.
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En toda Europa, los excrementos se convertían en nitrato de potasio, necesario para la pólvora. Se desconocía que los microorganismos fueran los catalizadores.
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Lavoisier identifica los productos de la fermentación alcohólica.
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Atribuyen la fermentación alcohólica a levaduras vivas, que se dividen mediante gemación.
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Pasteur describe la fermentación alcohólica, la fermentación del ácido láctico y la fermentación del ácido butírico, y explica los procesos de producción de vino y cerveza. Introduce la esterilización mediante la pasteurización y otras técnicas de esterilización para el manejo de microorganismos.
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El «Proceso de Viena» se utiliza para la producción a gran escala de levadura de panadería.
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En las ciudades más grandes se establecen plantas de tratamiento de aguas residuales municipales.
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Los clostridios se utilizan para la producción a gran escala de acetona y butanol. La glicerina se produce con la ayuda de levaduras a partir de melaza.
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El Aspergillus niger se utiliza para la producción a gran escala de ácido cítrico.
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Fleming descubrió la penicilina. Observó que el moho Penicillium notatum, que había crecido accidentalmente en una placa de cultivo de bacterias, inhibía el crecimiento de las bacterias a su alrededor. Este fue el primer antibiótico, una sustancia producida por un microorganismo que es capaz de matar o inhibir el crecimiento de otros microorganismos
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La penicilina se aísla y se purifica. Florey y Chain lograron aislarla, purificarla y desarrollar un método para su producción en masa, haciendo posible su uso como fármaco para tratar infecciones bacterianas.
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Los aminoglucósidos empezaron a utilizarse en 1944, tras el descubrimiento de la estreptomicina realizado por Waksman a partir del hongo Streptomyces griseus.
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Producción de enzimas microbianas (hidrolasas), que se añaden a los detergentes.
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Producción microbiana de cuajo para la fabricación de queso.
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Extracción de cobre y uranio en Estados Unidos y, especialmente, en Sudamérica (Chile) mediante microorganismos (biolixiviación).
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Cepas de E. coli recombinantes desarrolladas para producir somatropina (hormona del crecimiento humano) e insulina.
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Producción de una multitud de proteínas recombinantes para la industria farmacéutica, así como para las industrias de detergentes, papelera y textil, así como para aplicaciones científicas y de diagnóstico.
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Uso de microorganismos recombinantes en la producción de L-aminoácidos, vitaminas y productos químicos industriales (p. ej., precursores de polímeros).