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El general estadounidense Yarborough recomendó al gobierno colombiano crear una fuerza paramilitar clandestina para realizar actos terroristas contra supuestos comunistas. También sugirió que se registrara a todos los civiles con fotos y huellas, y que se usaran polígrafos y suero de la verdad en los interrogatorios.
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El Ejército colombiano adoptó un manual militar estadounidense que promovía el uso de fuerzas paramilitares civiles y guerrilleros "amigos" para combatir a los insurgentes, sugiriendo que el Ejército los entrenara, armara y controlara.
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El Decreto 3398 de 1965 permitió al gobierno colombiano usar a civiles en actividades para "restablecer la normalidad" y autorizó al Ministerio de Defensa a entregarles armas de uso privativo de las Fuerzas Armadas. Este decreto legalizó la creación de grupos paramilitares.
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Militares de inteligencia del Batallón Charry Solano de Colombia colocaron bombas en las sedes de las revistas Alternativa y Voz Proletaria, así como en el diario El Bogotano. La acción fue denunciada por militares disidentes, quienes señalaron a oficiales de alto rango, incluidos Harold Bedoya Pizarro e Iván Ramírez Quintero, como los responsables de ordenar los ataques.
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Se crea el grupo Muerte a Secuestradores (MAS) en Puerto Boyacá por narcotraficantes y ganaderos en respuesta al secuestro de la hermana de los hermanos Ochoa. Este grupo marca la alianza entre élites económicas, militares y el naciente narcotráfico para crear estructuras armadas ilegales.
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Pablo Escobar crea el grupo Los Extraditables para oponerse a la extradición a Estados Unidos. A partir de entonces, los carteles de la droga financian y usan grupos paramilitares como el MAS para proteger sus intereses.
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Este año marca el inicio del exterminio masivo de la Unión Patriótica (UP), un movimiento político surgido de los diálogos de paz. Los crímenes fueron perpetrados por grupos paramilitares en alianza con agentes del Estado.
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La Corte Suprema de Justicia declara inconstitucional y deroga el Decreto 3398 de 1965, pero para entonces el fenómeno paramilitar ya está consolidado y su expansión es imparable.
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El 24 de mayo de 1990, una explosión de carro bomba en Medellín fue seguida por una ola de violencia. El teniente Néstor Eduardo Porras Montero, en una declaración judicial de noviembre de 1990, acusó a la DIJIN (Dirección de Investigación Criminal e Interpol) de ser la responsable.