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En la antigüedad, antes de la aparición de la escritura, se creía que las enfermedades de las plantas eran causadas por fuerzas sobrenaturales, castigos divinos o maleficios. La única forma de evitar o curar las enfermedades era a través de rituales, sacrificios u otros actos mágicos.
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En la antigua Grecia, se planteó que la posición de los astros (estrellas y planetas) influía en la salud de las plantas. Se creía que las constelaciones y los movimientos planetarios generaban un "mal aire" o "influjo" que causaba las enfermedades en los cultivos.
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Esta teoría, propuesta por Hipócrates y luego desarrollada por Galeno, se aplicó tanto a la medicina humana como a la fitopatología. Postulaba que la enfermedad era el resultado de un desequilibrio de los "humores" (líquidos) de la planta, como savia, sangre, flema y bilis.
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Con el surgimiento de las religiones organizadas, se mantuvo la idea de que las enfermedades eran un castigo de los dioses o el resultado de la ira divina por los pecados humanos. En textos sagrados, como la Biblia, se describen plagas que afectaron cultivos como castigo divino.
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A lo largo de la Edad Media y hasta el siglo XIX, se popularizó la idea de que las enfermedades eran causadas por "malos olores" o "miasmas" que emanaban de la materia orgánica en descomposición. Se pensaba que estos vapores contaminaban el aire y eran absorbidos por las plantas, causando su enfermedad.
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Durante la Ilustración, se empezó a considerar que la causa de las enfermedades podía ser una combinación de factores externos e internos. Se investigó el impacto del clima, la humedad y las condiciones del suelo en el desarrollo de las enfermedades de las plantas, alejándose de las explicaciones sobrenaturales.
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Antes de la formulación definitiva de la teoría microbiana, algunos naturalistas como Agostino Bassi (1835) ya habían demostrado que una enfermedad del gusano de seda era causada por un hongo microscópico. Este fue un precursor crucial para la fitopatología, ya que fue una de las primeras pruebas de que los microorganismos podían causar enfermedades.
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Louis Pasteur (1860s) con sus experimentos sobre la fermentación y la pasteurización, y Robert Koch (1876) con sus postulados sobre la relación entre un microorganismo y una enfermedad, sentaron las bases definitivas de la teoría microbiana. Aunque sus trabajos se centraron en la medicina humana, sus principios fueron inmediatamente aplicados a la fitopatología.
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Anton de Bary (1861) es considerado el "padre de la fitopatología moderna". Demostró que el tizón tardío de la papa era causado por el hongo Phytophthora infestans, confirmando la teoría microbiana en el ámbito vegetal y estableciendo el estudio científico de las enfermedades de las plantas.
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Con el tiempo, se descubrieron otras causas de enfermedad en las plantas, más allá de los hongos y las bacterias. Se identificaron virus (como el virus del mosaico del tabaco), viroides y fitoplasmas, ampliando significativamente nuestra comprensión de los agentes causales de enfermedades en el mundo vegetal.