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Los espartanos utilizaron, hacia el 400 a.C., la Escitala, que puede considerarse el primer sistema de criptografía por transposición, es decir, que se caracteriza por ocultar el significado real de un texto alterando el orden de los signos que lo conforman. Los militares de la ciudad-estado griega escribían sus mensajes sobre una tela que envolvía una vara. El mensaje sólo podía leerse cuando se enrollaba la tela sobre un bastón del mismo grosor, que poseía el destinatario lícito del mensaje.
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En 1466, León Battista Alberti, músico, pintor, escritor y arquitecto, concibió el sistema de sustitución polialfabética que emplea varios abecedarios, saltando de uno a otro cada tres o cuatro palabras. El emisor y el destinatario han de ponerse de acuerdo para fijar la posición relativa de dos círculos concéntricos, que determinará la correspondencia de los signos.
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data de 1919, y es obra del holandés Alexander Koch, que comparte honores con el alemán Arthur Scherbius, el inventor de Enigma una máquina criptográfica a rotor que los nazis creyeron inviolable, sin saber que aceleraría su derrota.
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Existen dos trabajos fundamentales sobre los que se apoya prácticamente toda la teoría criptográfica actual. Uno de ellos, desarrollado por Claude Shannon en sus artículos "A Mathematical Theory of Communication"
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El segundo de los dos primeros trabajos, Communication Theory of Secrecy Systems, sienta las bases de la Teoría de la Información y de la Criptografía moderna.
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El segundo trabajo, publicado por Whitfield Diffie y Martin Hellman en 1976, se titulaba "New directions in Cryptography", e introducía el concepto de Criptografía de Clave Pública, abriendo enormemente el abanico de aplicación de esta viejísima disciplina.
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Una de las aportaciones del último cuarto del s. XX son los sistemas de cifrado asimétrico o de clave pública (como RSA), en contraposición con todos los anteriores, que son criptosistemas simétricos o de clave privada, que usaban la misma clave para el cifrado y el descifrado del mensaje.
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Con la publicación del algoritmo RSA en 1977 por parte de los matemáticos Ron Rivest, Adi Shamir y Len Adleman la criptografía "moderna" o de clave pública alcanza su consolidación.
