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Antes del desarrollo del pensamiento científico, las enfermedades se atribuían a fuerzas intangibles, invisibles o maléficas. La hechicería, el curanderismo y las creencias mágicas consideraban que la enfermedad era causada por demonios o espíritus malignos. Se hallaron cráneos con orificios practicados por curanderos prehistóricos con el fin de liberar a los pacientes de demonios.
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En diversas culturas, la enfermedad se vinculaba a castigos divinos o a la intervención de fuerzas religiosas. Por ejemplo, en Mesopotamia, India y Egipto, las explicaciones religiosas dominaban la visión del origen de las enfermedades en plantas y humanos, atribuyéndolo a la voluntad de los dioses.
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Se pensaba que las enfermedades en plantas estaban relacionadas con modificaciones en los planetas y las estrellas, influencias que ocasionaban desórdenes en la naturaleza y, por ende, en la salud vegetal. Estas ideas estaban influenciadas por las astrologías y las corrientes místicas.
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Aunque Pasteur y Koch son acreditados por la formalización, en el contexto de las ciencias agrícolas y médicas, algunos autores y prácticas ya consideraban que los microorganismos eran causa de las enfermedades, anticipándose en ciertos aspectos a estos descubrimientos, especialmente en la fitopatología, donde se usaron métodos similares antes de la publicación de los postulados.
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Con los estudios de Pasteur y Koch, se estableció que ciertos organismos específicos causan enfermedades en plantas, como las bacterias y hongos. Se elaboraron los postulados de Koch para determinar la causa específica de cada enfermedad.
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Originada en la medicina hipocrática, esta teoría sostenía que las enfermedades en plantas y humanos eran consecuencia de desequilibrios de los humores carácter de las influencias ambientales y de los líquidos corporales. Esta concepción fue adoptada para explicar los procesos patológicos en plantas también.
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Diversas ideas persistieron, incluyendo la causa estructural, la predisposición individual (como en Finlay, principios del siglo XX), y causas atmosféricas o telúricas (como en las clasificaciones de Zallinger del siglo XVIII). Estas nociones complementaban o coexistían con las teorías predominantes.
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Se creía que las enfermedades en plantas se causaban por "miasmas" o vapores contaminados en el aire, originados por materia orgánica en descomposición. Esta teoría fue dominante hasta que se descubrieron los microorganismos.
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La fitopatología aplicó los postulados de Koch en la identificación de agentes causales en plantas, adelantándose a los avances en medicina. Esta disciplina realizó experimentos que demostraron la relación de causa-efecto en las plantas antes incluso de que se consolidara la teoría microbiana en medicina.
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La incorporación de los microorganismos como causa específica movilizó una revisión de las ideas anteriores, rechazando enfoques místicos, religiosos y miasmáticos, y permitiendo avances en la terapéutica y control de enfermedades en plantas, como el desarrollo de fungicidas y bactericidas.