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Nel 509 a.C. l'arconte Clistene diede a tutti i cittadini gli stessi diritti e doveri, instaurando la democrazia, ma erano cittadini solo i maschi nati da padre ateniese, con una piccola proprietà. Clistene raggruppòla popolazione in dieci tribù, formate da tutte classi sociali, che sceglievano: gli arconti; gli strateghi militari; i membri del consiglio dei 500 organo legislativo.
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Nel 499a.C le colonie greche si ribellano al Gran re. Nella prima fase del conflitto gli Ionici ribelli ottengono clamorosi successi, la reazione persiana fu: i ribelli furono ricacciati r la città si Mileto venne distrutta.
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Nel 490 a.C la guerra tornò a divampare. Anche questa volta le forze in campo erano davvero squilibrate: l'esercito del più grande e potente impero mai visto; contro i fanti e le navi di centinaia di polis. Per i persiani il nemico da battere era Atene. La città dell'Attica non solo si era imposta come polis dominante, ma si era anche permessa di sostenere apertamente i ribelli della Ionia. Numerose città greche negarono il loro sostegno ad Atene.
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Nel 485a.C. muore il re Dario e gli successe il figlio Serse, il quale non rinunciò ai progetti paterni. Nel 481a.C. i persiani si misero nuovamente in marcia verso la Grecia con l'obbiettivo di stringere d'assedio la città greche ribelli. Nel 481 a.C. i Greci formarono la Lega panellenica.
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Serse aveva progettato di attraversare con il suo esercito l'Ellesponto su un ponte di barche per marciare su Atene, mentre la flotta navigava lungo le coste, pronta a fornirlo e appoggiarlo. Nel 480 a.C., l'esercito persiano avanzò verso la Grecia. Questa volta Atene non rimase sola. A bloccare l'avanzata dei persiani fu inviato l'esercito spartano guidato dal re Leonida, diede l'opportunità di riorganizzare la difesa.
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Temistocle fece evacuare Atene e l'intera Attica portando gli abitanti sulle isole di Salamina ed Egina. L'esercito di Serse invase l'Attica e incendiò e saccheggiò Atene. Nel canale di Salamina le navi greche ebbero la meglio in una sanguinosa battaglia. La guerra ricominciò il 479 a.C, Sparta gli mandò contro i suoi eserciti. L'esercito persiano fu sconfitto presso Platea, mentre una flotta greca sconfiggeva quella persiana presso Micale. I Greci allontanarono il pericolo persiano.
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Atene per difendere i Greci da una nuova invasione persiana, nel 477 a.C. riunì in confederazione le città greche dell'Asia Minore e alcune isole dell'Egeo. Nacque così la Lega di Delo. La Lega inizialmente prevedeva una condizione di parità fra gli alleati o dare contributi in denaro. Nel 454 a.C. il tesoro della Lega fu trasportato ad Atene e divenne una proprietà della città.
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Nel 471 a.C. Temistocle fu colpito da ostracismo ed esiliato. Anche Cimone fu ostracizzato nel 461.
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Pericle fu a capo del patrimonio democratico. Fu aletto stratego nel 460 a.C., trasformandosi in un re senza corona, Ridusse il potere dell'areopago trasformandolo in una specie di tribunale. Rafforzò il potere della bulè e dell'assemblea popolare. Inoltre istituì la mistofìa (retribuzione giornaliera per i membri della bulè e per i cittadini che erano giudici). Consenti a tutti i cittadini di prendere parte ai lavori delle assemblee.
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La seconda campagna militare avvenne nel 449 a.C. contro la Persia. Fu stipulata la pace di Callia.
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La prima campagna militare avvenne nel 445 a.C. contro Sparta. Fu stipulata la pace dei trent'anni. Atene si cautelava da una possibile aggressione spartana costruendo una muraglia difensiva il Pireo.
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Nel 431 a.C. alla citta di Megara venne precluso l'accesso ai ponti della Lega di Delo. Scoppia così la guerra del Peloponneso che va dal 431 a.C. al 404 a.C.. Una guerra che aveva cause economiche ma al tempo stesso si presenta come uno scontro fra ideologie politiche opposte.
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Nel 404 a.C. Atene fu definitivamente sconfitta. La punizione fu esemplare: gli Ateniesi dovettero abbattere le mura e rinunciare a ogni possedimento fuori dall'Attica .